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A catástrofe, "Martelo de Eden", resultou na perda de seis bilhões de vidas e a inundação de 90% da terra. A Nova Nações Unidas foi formada para buscar a paz nas terras arruinadas 14 anos depois. Keel é um garoto vivendo em uma cidade chamada Yabitsu, uma área que prosperou devido a energia do gerador nucleas trazido pela catástrofe. Sua parente, Aoi, é a secretária geral da Nova Nações Unidas. Ela vê a catástrofe como uma oportunidade para criar um novo mundo onde as nações podem ajudar uma a outra a superar as diferencas de raças e religiões. No entanto, seus esforços para realizar essa visão falham pela má vontade das nações de mudarem. Gould, um oficial militar, sente que a única maneira de criar ordem é através da força militar. Usando Ulysses, um submarino nuclear, junto com sua tripulação, incluindo o irmão de Keel, Tean, Gould realiza um golpe para declarar guerra contra a Nova Nações Unidas em seu ataque a Yabitsu.