Shinzo conta a história de uma jovem humana
chamada Yakumo. Seu pai, um cientista chamado Daigo Tetsuro a submeteu a
um sono hibernal dentro de um robô (Hacuba) para livrá-la de um vírus
que assolava a Terra e que estava matando os humanos e animais. Yakumo
acaba permanecendo neste estado mais tempo do que estava programado (500
anos ao invés de 50 - sendo que a cada 50 anos ela envelheceria apenas
1).
Quando desperta, encontra-se numa época em que a raça humana havia
sido dizimada, e quem governa o mundo são seres chamados enterranos,
mutantes feitos pelos próprios seres humanos a partir do DNA de humanos e
animais, e criados para resistir ao vírus que assolava o planeta. A
rebelião dos mutantes ocorreu durante o sono de Yakumo. Sendo comandados
por 7 poderosos generais enterranos, os mutantes massacraram os
humanos, rebatizando o planeta como Enterra. Criou-se então uma
superstição entre os enterranos com relação aos humanos: eles passaram a
considerar estes últimos como monstros perversos que deveriam ser
completamente extintos.
