O desenho se centraliza na Pequena Tóquio ( Edorópolis ), onde o tradicional conhece o futurístico e onde os servos Pizza Cats trabalham em seu fast-food de pizzas. A Pequena Tóquio é habitada por tipos de animalóides ( "andróides animais" ), cujo governador oficial é o Imperador Fred ( Shogun Tokugawa ), mas desde que ele ficou doido, sua filha Princesa Violeta ( Usa Hime ) e o conselho o substituíram. O líder do conselho é o 1o ministro Seymour Queijão ( Kon no Kami ) que tenta colocar a Pequena Tóquio sob suas patas e que sonha em ser o governador.
O único que sabe os planos malignos do Queijão é o comandante da Guarda do Palácio chamado Al Dente ( Wanko-no-Kami ). Sendo insuficiente provar para desmascarar Queijão o quanto ele é, Al Dente decide chamar três jovens gatos guerreiros, os SAMURAI PIZZA CATS ( Nyanki, um trocadilho de nyan ( "miau" ) e Yankee ). Cada um tem suas manobras e armas únicas que os ajudam a deixar os habitantes da Pequena Tóquio salvos dos planos malignos do Seymour Queijão, que às vezes usam a forma de um robô gigante.
Agora, os simples Pizza Cats se tornam em grandes SAMURAI PIZZA CATS e passam a lutar contra os malfeitores.
