Martian Sucessor Nadesico

Em um futuro distante, a humanidade tem habitado a Lua, e ainda tem uma pequena colônia em Marte . No entanto, a base de Marte é atacada e destruída por armas desconhecidas, que são mais tarde são dadas o nome de Jovian Lizards. Um dos moradores da colônia de Marte, Akito Tenkawa, é encontrado inconsciente na superfície da Terra, pouco depois do ataque dos Lizards. A longa guerra entre as forças militares da Terra e Lizard Jovian começa. O inimigo parece ter melhores armas, e eles podem até mesmo transportá-los usando alguns dispositivos de salto instantâneo no espaço. A situação é muito ruim para a Terra. Nesse meio tempo, uma empresa privada Nergal Heavy Industries secretamente desenvolveu e construiu a sua nave espacial própria, ND-001 Nadesico , o que poderia ser uma ajuda bem-vinda para as forças de defesa da Terra. No entanto, sendo uma empresa privada, Nergal tem seus próprios planos com Nadesico. Como o capitão da Nadesico, Yurika Misumaru, a filha do almirante das forças de defesa da Terra, é nomeado. Por pura coincidência, Akito consegue um emprego como cozinheiro na Nadesico poucos minutos antes do lançamento.
Quem são os Lizards Jovian, e por que eles estão atacando a Terra? Será que a tripulação de Nadesico quer ajudar as forças da Terra, ou será que Nergal vai agir de acordo com sua agenda secreta? Como Akito apareceu na Terra logo após o ataque à base de Marte? Quem matou os pais Akito pouco antes do ataque do lagarto?