Full Metal conta a história de dois irmãos, Edward e Alphonse. Eles vivem num mundo onde existe a Alquimia. Esta, por sua vez, é a ciência que estuda a transformação da matéria. Em outras palavras, como criar alguma coisa a partir de outra já existente. Um exemplo de uso da alquimia, seria fazer uma lança com um pouco de ferro. A Alquimia é regida por uma série de leis. Uma delas, a mais importante, é a da Troca Equivalente, que diz que você não pode criar alguma coisa a partir do nada. Para tudo, sempre haverá um preço.
Para usar a alquimia, é necessário o uso de um círculo de transmutação, que pode ser desenhado onde necessário. Na história, Edward consegue fazer a alquimia sem o uso desse círculo, sendo considerado por muitos como especial. Quando Edward tinha 8 anos (seu irmão Alphonse tinha 7 anos nessa época), a mãe dele morreu. Com isso, os irmãos Elric passaram a estudar a alquimia a fim de trazer sua mãe de volta. Contudo, a chamada “Transmutação Humana” é um dos maiores tabus na alquimia. Quando usaram a transmutação para reviver sua mãe, Edward perdeu a perna esquerda e Alphonse perdeu seu corpo inteiro. Edward, então, com a ajuda da alquimia fixou a alma de Alphonse em uma armadura, em troca de seu braço direito. Por causa do acidente, Edward usa uma prótese mecânica no lugar de sua perna e uma no lugar de seu braço, chamadas de Automails.
A partir de então, o objetivo dos dois é recuperar seus corpos. Para isso, Edward deseja encontrar a Pedra Filosofal. Eles não sabem se ela realmente existe, mas de acordo com as histórias, a Pedra Filosofal ampliaria o poder de um alquimista, de tal forma que ele poderia ignorar a Lei da Troca Equivalente.
