A trama se passa em um mundo contendo dois continentes, separados por um oceano de areia. Como manda a tradição da série, os protagonistas da aventura são Ryu e Nina, mas não são os mesmos de um jogo para outro, pertencendo a eras diferentes . Os continentes eram: o Império Fou, continente do oeste, e a Aliança do Leste, continente do leste. Por anos os dois continentes agiram de forma independente, pois não tinham contato entre si. Entretanto, logo após o contato surgiu uma guerra brutal entre os continentes. Os dois poderes ficaram empatados, praticamente a guerra inteira, usando toda sua força e recursos naturais na batalha. A guerra continuou por muito tempo até que os dois continentes ficaram sem recursos.
A história começou quando houve contato entre os dois continentes que era possivel através de "barcos" que navegam pela areia que são chamados Sandflier. Um ano depois, princesa Elina de Wyndia, subitamente desapareceu perto da cidade de Synesta, e sua irmã, princesa Nina, juntamente com Cray, seu guardião, embarcaram em uma jornada para encontrá-la.
