Em 1937, pouco antes da Segunda Guerra começar de fato, o tenente-coronel Yuuki do Exército Imperial Japonês forma a "Agência D". Ela serviria como uma agência de inteligência do exército. O exército do Japão atribui então ao tenente Sakuma o serviço de observar qual o desempenho da unidade.
A Agência D procura novos agentes, fora dos militares japoneses. Yuuki então institui princípios que vão contra os do EIJ (Exército Imperial Japonês): "Não matar, não morrer, não ser capturado". Com isso, o grupo lida com missões contra poderes nacionais e estrangeiros.
Adaptado da série de novels de Koji Yanagi pelo renomado estúdio Production I.G e com a promessa de 12 episódios, Joker Game sai e muito da linha comum para nos trazer algo mais maduro.
