Macross Zero

Macross Zero é definida entre 2007 a ​​2008, muito antes da primeira guerra contra os Zentraedis (eventos relatados na série Macross original), no Pacífico Sul, onde há nove anos uma nave alienígena caiu no chão, que foi reconstruída e nomeado mais tarde como SDF-1 Macross.

No meio das batalhas finais da Guerra da Unificação entre as forças de um Spacy (ONU) e a Aliança de Anti-A (anti ONU), um jovem piloto de um F-14 da ONU chamado Shin Kudo é derrubado por um caça misterioso, que possui a habilidade de se transformar em um robô humanóide. Kudo tem temposuficiente para ejetar da aeronave que caiu no mar perto da ilha conhecida como Maia, situado no Pacífico. Shin chega inconsciente na praia da ilha onde é protegido pela xamã da ilha, uma mulher bela e enigmática chamada Sara, que conhece todos os segredos, mistérios e lendas de Kaduna ("homem pássaro").
Kudo retorna à frota e junta-se ao Esquadrão Skull, comandada por Roy Focker, que é piloto do VF-0S (Leader crânio). No entanto, esta Maia é o material escondido relacionado com a nave alienígena que caiu a anos atrás. O povo de Maia é apanhado no meio da luta entre as forças de um  Spacy e Anti-A para obter e controlar a tecnologia alienígena